Helena Pavličíková působí na katedře společenských věd Pedagogické fakulty Jihočeské univerzity v Českých Budějovicích, kde zajišťuje výuku základů filosofie, vybraných filosofických otázek přírodních věd a environmentalismu v českém filosofickém myšlení. K těmto tématům je také zaměřena její publikační činnost, v níž se soustřeďuje na myšlenkový vývoj významných českých přírodovědců od jejich experimentální badatelské činnosti k otázkám metafyzickým a noetickým (například O biologii nutně i náhodně, K některým filosofickým aspektům živé a neživé přírody, Josef Velenovský – k jeho filosofické a přírodovědecké činnosti).